Extraktion von DNA - Molekularbiologische Methoden in der Lebensmittelanalytik - page 33

3.3.2 DNA-Extraktion aus pflanzlichen Geweben

Für die DNA-Extraktion aus Pflanzen existiert eine Reihe von Protokollen. Einige
gelten als europäische Standards oder nationale Referenzmethoden.
In der Publikation von Lydia Olexova [13] werden drei Extraktionsmethoden
für verarbeitete Pflanzen verglichen: die CTAB-Liquid Phase Extraction, die Chao-
tropic Solid Phase Extraction und die non-chaotropic Solid Phase Extraction. In
dieser Arbeit konnte gezeigt werden, dass sich die CTAB-LPE hervorragend für
eine DNA-Extraktion eignet.
In einer ähnlichen Arbeit von Di Pinto et al. [14] wurden kommerzielle Kits
zur DNA-Extraktion aus überwiegend pflanzlichen Lebensmitteln getestet. Hier-
bei handelte es sich um das Wizard Magnetic DNA Purification System for Food
(Promega) und den DNAEasy Tissue Kit (QIAGEN). Als positive Kontrolle der
Extraktion diente von dem Institute for Reference Materials and Measurements zer-
tifiziertes Bt-176-Mais Referenzmaterial. Verglichen wurden die Kits hinsichtlich
der isolierten DNA-Konzentration, der Reinheit der DNA (OD 260 /OD 280 ) sowie die
mittels PCR ermittelte Nachweisgrenze. In dieser Studie zeigte sich, dass die Er-
gebnisse abhängig vom Nahrungsmittel, aus dem isoliert wurde, sehr schwanken.
Bei Verwendung von ein und demselben Kit wurde, je nach dem, aus welchem
Nahrungsmittel isoliert wurde, eine Reinheit zwischen 0,1 und 1,97 erreicht. Fazit
dieser Arbeit war jedoch eine leichte Überlegenheit des Promega Wizard Magnetic
DNA Purification for Food Kit für pflanzliche Matrizes, die reich an Polyphenolen
und Polysacchariden sind. Dieses Kit war der Studie zufolge auch weniger zeitin-
tensiv als das DNeasy Kit.
Methoden zur Aufarbeitung aus schwierigen Matrizes finden sich auch in na-
tionalen Methodensammlungen wie dem § 64 LFGB. Hier wird z. B. in der 2007
publizierten Methode 57.06.01-3 [15] die Präparation von DNA aus Sojalecithinen
beschrieben.
Die als internationale Standards akzeptierten DNA-Extraktionsmethoden aus
pflanzlichen und tierischen Materialien finden sich im EN ISO 21571:2005 [16] .
Hier finden sich im Annex A eine große Anzahl an DNA-Extraktionsmethoden, die
verschiedenste Techniken anwenden: Phenol/Chloroform-basierte DNA-Extrak-
tionsmethoden u. a. für fermentierte Würstchen und Starterkulturen für Joghurt;
Polyvinylpyrollidon-basierte Extraktionsprotokolle; CTAB-basierte Extraktions-
protokolle; Silica-basierte Extraktionsprotokolle und Guanidinuimchlorid-basierte
Extraktionsprotokolle. Für alle Extraktionsprotokolle sind Matrizes angegeben, an
denen die Methoden erfolgreich getestet wurden.

3.3.3 Zusammenfassende Bewertung

Zusammenfassend kann gesagt werden, dass sowohl im pflanzlichen als auch im
tierischen Lebensmittelbereich keine perfekte Methode existiert, die sowohl durch