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ganismus als dominierender Leitkeim von Interesse ist. Aufgrund mangelnder Se-
lektivität der Medien kann in der Regel nur die Keimzahl physiologischer Gruppen
ermittelt werden. Franzetti et al. wendeten sieben Differenzialmedien an, um die
Entwicklung von Milchsäurebakterien, Essigsäurebakterien und Hefen in Kefir
über einen Zeitraum von 14 Tagen zu ermitteln [
60
].
13.4.2
Direkte Verfahren ohne Kultivierung
Der Einsatz molekularer Methoden ohne kulturelle Voranreicherung schließt eine
Verfälschung der Ergebnisse, die durch Anreicherungsvorlieben ausgelöst werden,
aus und bietet zudem die Möglichkeit, nicht- bzw. schwer kultivierbare Organismen
zu erfassen. Studien, die Verfahren mit und ohne vorhergehende Kultivierung ver-
glichen haben, wiesen erhebliche Unterschiede in den jeweils erzielten Ergebnissen
auf [
77
]. Tabelle
13.5
gibt eine Übersicht über in Lebensmitteln eingesetzte kultur-
unabhängige Verfahren zum Monitoring von Starterkulturen, wie TTGE, DGGE
und Multiplex-PCRs.
13.4.2.1
Multiplex-PCR
Die Verwendung mehrerer organismenspezifischer Primer-Paare erlaubt den simul-
tanen Nachweis mehrerer Stämme in einer Fermentation. So haben Kwon et al.
[
89
] ein Multiplex-PCR-System zur simultanen Identifizierung von sieben probio-
tischen Starterkulturen entwickelt. Kostinek et al. konnten mit einer
recA
-spezifi-
schen Multiplex-PCR zwischen
L. plantarum, L. paraplantarum
und
L. pentosus
unterscheiden [
85
]. Neben der konventionellen Multiplex-PCR mit anschließender
gelelektrophoretischer Auftrennung der Produkte ist die routinegeeignete Real-
Time-PCR-Variante möglich (s. auch 13.3.3).
13.4.2.2
DGGE, TGGE
Die denaturierende Gradientengelelektrophorese (DGGE) basiert auf abnehmen-
der elektrophoretischer Mobilität partiell aufgeschmolzener doppelsträngiger DNS
in Polyacrylamidgelen mit linearem DNS-Denaturierungsgradienten (Formamid,
Harnstoff). Es werden mit PCR erhaltene DNS-Fragmente gleicher Länge aber
unterschiedlicher Sequenz aufgetrennt. Die Sequenzunterschiede bewirken, dass
die Fragmente bei unterschiedlichen Denaturandenkonzentrationen partial auf-
schmelzen und folglich ihre Mobilität im elektrischen Feld reduziert wird. Hoch-
schmelzende GC-Anhänge (30-50 bp) an den 5′-Enden der Primer verhindern eine
komplette Dissoziation der Stränge und erhöhen die Unterscheidungsmöglichkeit
von Sequenzvarianten erheblich. DNS-Moleküle können schon aufgrund eines ein-
zelnen Basenaustausches voneinander getrennt werden [
109
].
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