Chemistry Reference
In-Depth Information
Ercolini et al. [
47
] entwickelten ein 16S rRNS-FISH-System zur Detektion von
Milchsäurebakterien aus Käse, das auch zur Detektion der räumlichen Verteilung
der Organismen in der Käsematrix geeignet war [
46
]. Friedrich und Lenke [
61
]
konnten
Lactococcus lactis
subsp.
cremoris,
Lactococcus lactis
subsp.
lactis
und
Leuconostoc
spp. mit 16S rRNS-FISH-Sonden auch in geringen Mengen in PRO-
BAT-Kulturen quantitativ in guter Korrelation mit klassischen mikrobiologischen
Methoden nachweisen. Auch Blasco et al. [
15
] beschrieben FISH als ein geeignetes
System zum schnellen quantitativen Nachweis von für die Herstellung von Wein
relevanten Milchsäurebakterien, wie
Oenococcus oenii
(s. auch Tab.
13.3
).
Allerdings ist die Anzahl der pro Objektträger gleichzeitig einsetzbaren Gen-
sonden durch die zur Verfügung stehenden unterschiedlichen Fluorophore begrenzt
und die Permeabilisierung der Zellwände oft nicht mit Standardprotokollen mög-
lich [
17
].
13.3.3
Direkter Nachweis durch PCR-gestützte Techniken
Die Nachweisempfindlichkeit der herkömmlichen Sondentechnik kann durch die
Vermehrung (Amplifikation) der DNS-Moleküle mittels Polymerase-Kettenreak-
tion um ein Vielfaches erhöht werden.
Im einfachsten Fall werden zur Amplifizierung Primer verwendet, die für die
zu identifizierende Spezies spezifisch sind. Nach elektrophoretischer Auftrennung
im Agarosegel können dann durch Anfärben mit Ethdiumbromid die amplifizierten
Produkte sichtbar gemacht werden. Bei der Verwendung von Universal- oder grup-
penspezifischen Primern kann die Identifizierung auch durch eine der PCR nach-
geschaltete Hybridisierung mit speziesspezifischen Gensonden erfolgen. Automa-
tisierbare Methoden und der Einsatz von real-time Thermocyclern die mit relativ
kurzen Analysezeiten verbunden sind, machen diese Verfahren auch für die Routi-
neidentifizierung von Starterkulturen interessant (Taqman-PCR, post hybridisation
capture, AmpliSensor). Die Verwendung mehrerer organismenspezifischer Primer-
Paare in einem Assay erlaubt den simultanen Nachweis mehrerer unterschiedlicher
Mikroorganismen in einer Fermentation, wie beispielsweise das von Furet et al.
[
63
] entwickelte Real-Time-PCR-System zum Nachweis von
Streptococcus ther-
mophilus
und verschiedener
Lactobacillus
sp. in Milchprodukten oder der simulta-
ne Nachweis von 17 verschiedenen
Lactobacillus-
Spezies in Sauerteig [
147
].
13.3.4
Verfahren zur Genotypisierung durch
DNS-Polymorphismen
Molekulare Methoden können auch zum Erstellen genetischer Fingerabdrücke ein-
gesetzt werden. Hierbei werden Muster aus DNS-Fragmenten unterschiedlicher
Länge (DNS-Polymorphismen) erzeugt. Genotypische Verfahren, die auf einer
organismenspezifischen Mustererzeugung basieren, zeigen stark unterschiedliche
Search WWH ::
Custom Search