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Bei der Interpretation von Datenbankvergleichen ist stets zu beachten, dass es
keine Sequenzkorrektur der öffentlichen Datenbanken gibt. Daraus ergibt sich, dass
Fehler in den hinterlegten Sequenzen vorhanden sein können. Bei landwirtschaft-
lichen Nutztieren und im Cytochrom-b-Gen ist diese potenzielle Fehlermöglichkeit
zu vernachlässigen, da mehrere Sequenzen hinterlegt sind. Anders hingegen sieht
es bei exotischen Arten aus, von denen nur wenige Daten verfügbar sind. Hier muss
die Ergebnissequenz kritisch hinterfragt werden, gegebenenfalls sind die an zwei-
ter oder dritter Stelle rangierenden Sequenzen in die Auswertung einzubeziehen.
Bei nicht übereinstimmenden Basenpaaren muss fallweise das Elektropherogramm,
welches den Sequenzdaten zugrunde liegt, nochmals geprüft werden.
Sonderfälle der Speziesbestimmung durch Sequenzanalyse
In einigen Fällen kann man auch Fleischerzeugnisse aus zwei Tierarten durch RFLP
und Sequenzierung analysieren, wenn eine Spezies bekannt ist [
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]. Dazu wird die
bekannte Spezies mit einem Restriktionsenzym verdaut, welches die unbekannte
Spezies nicht schneidet. Nach Analyse in einem Agarosegel wird das nichtgeschnit-
tene PCR-Produkt aus dem Gel extrahiert und sequenziert.
Bei der PCR im Cytochrom-b-Gen treten gelegentlich sehr schlecht auswertbare
Elektropherogramme auf. Dies kann einerseits auf ungenügende Primer-Qualität,
entweder durch Hydrolyse der Oligonukleotide, oder durch geringe Qualität der
Synthese, zurückgeführt werden. Dieser Mangel kann bei jeder Sequenzanalyse
auftreten. Andererseits ist eine Beeinflussung des Ergebnisses durch chromosomale
Pseudogene möglich. Die Primer binden an die chromosomalen Pseudogene ebenso
wie an die mitochondriale DNA, amplifizieren diese und bilden damit das Template
für die DNA-Sequenzierung. Dies führt dazu, dass zwei verschiedene PCR-Produk-
te als Template der Sequenzierung vorliegen, die Elektropherogramme dieser Pro-
dukte liegen übereinander und können nicht ausgewertet werden. Bei der Mehrzahl
der Fälle ist dieses Problem nicht relevant, da
• vergleichsweise erheblich mehr mitochondriale Cytochrom-b-Sequenzen als de-
ren Pendants als chromosomale Pseudogene vorliegen,
• die Primer besser auf das mitochondriale Target passen als auf die chromosoma-
len Sequenzen und
• die Reaktionsbedingungen auf die mitochondrialen Sequenzen optimiert werden.
Verhindern kann man die Amplifikation von Pseudogenen durch gezielte Extrak-
tion mitochondrialer DNA. Diese Verfahren sind bei erhitzen Fleischerzeugnissen
jedoch nur eingeschränkt zu verwenden, da die Zellmembranen durch die Verarbei-
tung und Temperatureinwirkung geschädigt werden und so eine Trennung von Mi-
tochondrien und Zellkernen nicht mehr möglich ist. In der Routineanalytik werden
Verfahren der gezielten Isolierung von mitochondrialer DNA nicht angewandt.
Spezifische PCR zum Tierartnachweis
Die spezifische PCR ist ein Verfahren, um mit sehr hoher Sensitivität eine be-
stimmte Art oder mehrere verwandte Arten nachweisen zu können. Die Ergebnis-
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