Praktischer Teil - Protein-Microarrays fur die Wirkstoffentwicklung - page 35

Abbildung 15 : Alignment der Proteinsequenzen von Hp_HtpG: HtpG aus H. pylori und
Exp. Hp_HtpG: Experimentell hergestelltes HtpG aus H. pylori . Umrandet sind die Ami-
nosäuren, die relevant für die Bindung des Liganden sind. Unterschiede in den Sequenzen
wurde mit einem Stern markiert. Download der Proteinsequenz für Hp_HtpG bei NCBI
(CAX28758), verwendetes Programm zur Darstellung: CLC Sequenz Viewer.
Es wurde als Vorwärtsprimer SUMO Forwards (5´-AGA TTC TTG TAC
GAC GGT ATT AG-3') und als Rückwärtsprimer T7 Reverse (5´-TAG TTA
TTG CTC AGC GGT GG-3´) gewählt. Die Sequenzierergebnisse wurden mit
der publizierten DNA für das HtpG aus H. pylori (www.ncbi.nlm.nih.gov,
CAX 28758.1) alignt und der Vorwärtsprimer der Sequenzierung lieferte ein
gutes Ergebniss (s. Abb. 15 und 25). Der sequenzierte Teil der DNA ließ sich
als htpG identifizieren.
Doch sind einige Punktmutationen überwiegend in der C-terminalen Do-
mäne vorhanden, die mit Hilfe von Primern für weiterführende Arbeiten ge-
zielt entfernt werden müssten. Die sequenzierte DNA des HtpG wurde mit
dem Programm CLC Sequence Viewer in die Aminosäurensequenz übersetzt.
Anschließend wurde die N-terminale Domäne des hergestellten HtpG-Proteins
mit der Sequenz des publizierten HtpG aus H. pylori , Stamm 210 in einem
Align-ment verglichen. In Abbilung 15 ist das Ergebnis dargestellt. Die von-
einander abweichenden Aminosäuren wurden mit einem Stern marktiert. Rot
umrandet sind die Aminosäuren, die relevant für die Bindung des Liganden
sind (s. Teil 3.1.1.). In fünf Aminosäuren unterscheiden sich die beiden Se-
quenzen, doch ist keine der bisher bekannten und für die Bindung des Ligan-
den relevanten Aminosäuren betroffen. Für das HtpG aus H. pylori gibt es