Praktischer Teil - Protein-Microarrays fur die Wirkstoffentwicklung - page 24

konstruierte Vektor sollte in ein passendes Expressionskunstrukt überführt
werden, um rekombinates Protein in E. coli zu erzeugen und aufzureinigen.

3.1.1 Bioinformatische Vorarbeiten

Bevor die molekularbiologischen Arbeiten begonnen werden konnten, wurden
bioinformatische Informationen bezüglich des HtpG aus H. pylori gesammelt.
Somit konnten Vermutungen aufgestellt werden, ob sich das HtpG bezüglich
der Bindung von Geldanamycin und den Geldanamycin-Analogen als Inhibi-
toren wie das humane Hsp90α verhält oder ob es wie das HtpG aus Strepto-
myces hygroscopicus Geldanamycin nicht bindet.
Zuerst wurde die ATP-Bindetasche der N-terminalen Domäne des huma-
nen Hsp90α untersucht und wechle Aminosäuren relevant für die Bindung des
Liganden sind (ATP bzw. Geldanamycin). Nach M ILLSON ET AL . (2011) sind
die folgend aufgeführten Aminosäuren wichtig für die Bindung von ATP/
Geldanamycin in der ATP-Bindetasche. Sie können entweder Van-der-Waals-
Bindungen, Wasserstoffbrückenbindungen mit den Liganden oder hydrogene
Bindungen mit Wasser eingehen. 53

Van-der-Waals-Bindungen: N51, D54, A55, I96, M98, D102, N106,
L107, V150

Wasserstoffbrückenbindungen: K58, D93, F138

Hydrogene Bindungen mit H 2 O: G97, T184

Außerdem ist die ATP-Bindetasche in einer dreidimensionalen Ansicht in der
Abbildung 8 gezeigt. Es wurde ein Alignment der N-terminalen Domäne des
humanen Hsp90α mit ATP und Geldanamycin als Liganden mit der PyMOL
Grafiksoftware durchgeführt. Die wichtigsten Aminosäuren sind in beiden
Proteinen gelb hervorgehoben und in Abbilung 8b beschriftet. Es ist zu erken-
nen, dass die unterschiedlichen Liganden die Orientierung der Aminosäuren
beeinflussen. Bei dem HtpG-Protein aus S. hygroscopicus , das als Nicht-Bin-
der von Geldanamycin bekannt ist, werden vor allem Veränderungen in den
Positionen 58, Lysin zu Arginin (K58R) und 112,Lysin zu Asparagin (K112N)
53 Millson, S. et al. (2011)