Praktischer Teil - Protein-Microarrays fur die Wirkstoffentwicklung - page 27

Außerdem wurde die Hydropathie der NTD der drei untersuchten Kandi-
daten verglichen, da auch hydrophobe Bindungen mit verantwortlich für die
Bindung von Geldanamycin bzw. Inhibitoren in der ATP-Bindetasche sind.
Die Abbildung 10 zeigt den Hydropathie-Index nach K YTE & D OOLITTLE als
Funktion der Aminosäuresequenzen der Proteine. Je höher der Score, desto
größer die Hydrophobizität des entsprechenden Bereichs. Die Erstellung der
Hydropathie-Indizes erfolgte in ExPASy ProtScale. Die Aminosäuresequenz
ist induziert nach K YTE & D OOLITTLE , jeweils mit einer Fenstergröße von
neun. Anschließend wurden die Graphen in Origin zusammengefasst.Der
Hydropathieplot des humanen Hsp90α ist schwarz, der des HtpG aus H. pylori
magenta und der des HtpG aus S. hygroscopicus blau in der Abbildung 10
dargestellt. Es ist zu erkennen, dass im Bereich der Aminosäuren 120 - 140
die Hydrophobität von HtpG aus H. pylori sehr stark des HtpG aus S. hyg-
roscopicus gleicht. Sie ist sehr viel geringer als die des humanen Hsp90α Die-
ser Bereich der Aminosäuren liegt tief in der N-terminalen Domäne und hat
wahrscheinlich Auswirkungen auf die Bindung von Geldanamycin. Ansonsten
verläuft der Graph von H. pylori ausgeglichen zwischen den beiden anderen
Graphen und es sind eher kleinere Unterschiede in der Hydrophatie festzustel-
len. Am Ende der NDT zwischen den Positionen 210 - 240 geht die Hydro-
phatie zwischen S. hygroscopicus und H. pylori bzw. H. sapiens auseinander.
Anhand des Proteinalignment kann vermutet werden, dass sich HtpG aus
H. pylori in seinen Bindungseigenschaften eher wie das Hsp90α aus H. sapiens
verhält, da es in den relevanten Aminosäuren in der ATP-Bindetasche nur zwei
Austausche hat. Doch auch schon zwei veränderte Aminosäuren können aus-
schlaggebend sein. Im Hydropathieplot sieht es so aus, als ob das HtpG eher
nicht Geldanamycin bindet. Im Inneren der ATP-Bindetasche sind die Hydro-
pathien sehr viel geringer als bei dem humanen Hsp90α. Es kann keine kon-
krekte Vermutung über die Bindungseigenschaften aufgestellt werden.